La Historia Profunda es uno de los tres modos disponibles en Mystic Messenger, siendo los otros Historia Casual y Otra Historia. A comparación de la Historia Casual, ésta se centra más en los detalles de la trama de la historia.
Se requiere de 80 relojes de arena para desbloquear este modo. Es muy recomendable para los jugadores desbloquear las otras rutas de la Historia Casual para después proceder a jugar en este modo.
A través de este modo, el jugador podrá decidir en cuál ruta jugará, dependiendo de sus respuestas durante los 4 días, contará con las rutas de 707 y/o Jumin Han. Debido a que Zen, Yoosung y Jaehee están disponibles en la Historia Casual, el jugador no contará con una relación amorosa con éstos, sin embargo, podrá obtener corazones de los mismos durante los primeros 4 días.
