Deep Story — наряду с Casual Story и Another Story один из трех доступных режимов прохождения игры Mystic Messenger. В сравнении с Casual Story, Deep Story в большей степени раскрывает сюжет игры.
Так как для доступа к Deep Story требуется 200 песочных часов, игрокам настоятельно рекомендуется предварительно пройти все три рута Casual Story, прежде чем приступать к рутам Deep Story (руты 707 и Джумина).
Deep Story: Плохая концовка[]
Если игрок в первые 4 дня игры пропустил слишком много чатов, получал сердца только от Юсона, Джехи и Зена или не получил достаточное количество сердец от одного из двух основных персонажей данного режима, на пятый день игрок получит плохую концовку Deep Story.
В конце четвертого дня Ви оповещает 707 и главную героиню о том, что он планирует поездку за неделю до вечеринки. 707 говорит Ви, что установил на его телефон детектор ошибок, и телефон засветится красным, если будет обнаружена прослушка звонка. Сразу после того, как Ви и 707 выходят из чата, появляется Неизвестный, незаметно взломавший мессенджер, и угрожает Севену.
В полночь Ви находится в горах и, смотря на звезды, вспоминает о Рике, обещая скоро к ней присоединиться. Его размышления прерывает неожиданное появление Неизвестного, который говорит, что перерыл все вещи в машине Ви, подозревая его в недобрых намерениях. Он считает, что Ви планировал расследование причин того, почему главная героиня присоединилась к RFA, и шантажирует его, говоря, что если Ви планировал саботировать "их", то у Неизвестного есть "большой сюрприз" для RFA, в особенности для "рыжеволосого". Затем Неизвестный захватывает Ви в заложники в предвкушении награды за него.
В это время 707 сидит у себя дома, ест чипсы и препирается с Вандервудом, пока тот делает уборку. Раздается звонок от Ви, и 707 понимает, что телефон был взломан. Он отвечает на звонок и слышит голос Неизвестного.
После этого он заходит в чат и просит главную героиню как можно скорее покинуть квартиру Рики, так как там заложена бомба, которая может сдетонировать в любой момент, и уехать как можно дальше. Сам Севен обещает связаться с Джумином и попросить его прислать каждому из оставшихся участников RFA по телохранителю, а после этого решает выяснить, как спасти Ви. Из-за внезапно возникшей чрезвычайной ситуации RFA не сможет провести вечеринку.
Героиня не понимает, что происходит, но Севен поясняет, что существует некая "сила", охотящаяся за документами в квартире Рики и за Ви, лидером RFA. Кроме того, у RFA есть секреты, которые ей лучше не знать, и 707 просит ее не вникать больше в дела организации ради ее же собственной безопасности. Когда ГГ и 707 прощаются, появляется сообщение о том, что администратор исключил игрока из мессенджера.